Przeprowadzenie zabiegu może być wskazane w przypadku pozapalnego lub pogruźliczego zwężenia moczowodu, nowotworu naciekającego moczowód, pourazowego i pooperacyjnego uszkodzenia moczowodów czy kamieni w miedniczce nerkowej lub moczowodzie. Nefrostomia to rozwiązanie, które stosowane w celu zapewnienia dostępu środków leczniczych np. antybiotyków bezpośrednio do układu wydalniczego, czy profilaktycznie po resekcji guzów miedniczki nerkowej. Procedura może być rozwiązaniem czasowym lub definitywnym i dotyczyć jednej lub obu nerek.
